Programové období 2004 - 2006
Česká republika získala možnost čerpat finanční prostředky ze Strukturálních fondů Evropské unie ihned po svém vstupu v roce 2004. Tyto fondy byly jedním z hlavních nástrojů regionální a strukturální politiky EU a sloužily k naplňování cílů, které si unie stanovila pro období mezi roky 2000 a 2006. Mezi hlavní cíle patřilo snižování rozdílů mezi regiony s důrazem na hospodářskou a sociální soudržnost EU.
V tomto období zastávalo CRR roli zprostředkujícího a kontrolního subjektu pro následující operační programy:
Společný regionální operační program (SROP)
SROP byl zaměřen na podporu vyváženého a udržitelného ekonomického rozvoje regionů, především na aktivity, jejichž realizace z hlediska platné české legislativy spadá do působnosti obcí nebo krajů. Cílem tohoto programu bylo dosažení trvalého hospodářského růstu i růstu kvality života obyvatel regionů prostřednictvím nových ekonomických aktivit s důrazem na tvorbu pracovních míst v regionálním i místním měřítku, na zlepšení kvality infrastruktury a životního prostředí, na všeobecný rozvoj lidských zdrojů a na prohlubování sociální integrace.
ŘO SROP vydal dne 10. 2. 2011 aktualizovaný vzor Monitorovací zprávy o zajištění udržitelnosti projektu s přílohou Tabulka pro výpočet přepočteného stavu zaměstnanců, který nahrazuje vzor MZUP v jednotlivých Příručkách pro příjemce.
Jednotný programový dokument pro Cíl 2 Praha (JPD2)
JPD2 byl zaměřen na revitalizaci a rozvoj městského prostředí v Praze s cílem podpořit další potenciál rozvoje české metropole.
ŘO JPD2 vydal dne 14. 2. 2011 aktualizovaný vzor Monitorovací zprávy o zajištění udržitelnosti projektu s přílohou Tabulka pro výpočet přepočteného stavu zaměstnanců, který nahrazuje vzor MZUP v jednotlivých Příručkách pro příjemce.
INTERREG a další programy
INTERREG III A zahrnoval programy přeshraniční spolupráce na české hranici se Saskem, Bavorskem, Rakouskem, Slovenskem a Polskem. V současném období na tuto iniciativu navazují operační programy Cíle 3 – Evropské územní spolupráce.
INTERREG III B CADSES byl program nadnárodní spolupráce v regionu CADSES, tedy ve středoevropském, jadranském, podunajském a jihovýchodním prostoru. Region zahrnoval oblast od Německa po Moldavsko a Ukrajinu.
INTERREG III C byl program zaměřený na meziregionální spolupráci v evropském prostoru.